Tuy nhiên, quá trình triển khai thực hiện Luật khiếu nại và các văn bản hướng dẫn thi hành để giải quyết các khiếu nại hành chính cho người dân cho thấy pháp luật về khiếu nại còn bộc lộ một số hạn chế, bất cập như: trình tự, thủ tục giải quyết khiếu nại của cơ quan hành chính nhà nước còn chưa đảm bảo tính khách quan, dân chủ, công khai, minh bạch; chưa tạo ra một cơ chế tranh luận bình đẳng trong quá trình giải quyết. Trong thực tế, cơ quan hành chính thụ lý, thẩm tra, xác minh, kết luận và ra quyết định giải quyết một cách đơn phương, người khiếu nại hầu như ít có điều kiện tiếp cận các thông tin, tài liệu liên quan đến vụ việc; vai trò của luật sư trong quá trình giải quyết khiếu nại hành chính chưa được thể hiện đầy đủ, còn hạn chế. Các quy định hiện hành cũng chưa phân biệt rõ thủ tục giải quyết khiếu nại lần đầu với lần hai, giữa khiếu nại đòi huỷ bỏ quyết định hành chính, chấm dứt hành vi hành chính với thủ tục giải quyết khiếu nại đòi bồi thường thiệt hại.

Trong pháp luật về quyền khiếu nại, Chủ thể của quyền khiếu nại còn chưa thống nhất, đầy đủ trong Luật khiếu nại năm 2011. Theo khoản 1, 2 Điều 2 của Luật khiếu nại năm 2011 thì người nước ngoài và người không quốc tịch sống trên lãnh thổ Việt Nam không được có quyền khiếu nại. Tuy nhiên, theo quy định tại khoản 1 Điều 3 của Luật khiếu nại năm 2011: “Khiếu nại của cơ quan, tổ chức, cá nhân nước ngoài tại Việt Nam và việc giải quyết khiếu nại được áp dụng theo quy định của Luật này, trừ trường hợp Điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên có quy định khác” thì cá nhân nước ngoài vẫn có quyền khiếu nại và vẫn thuộc đối tượng điều chỉnh của Luật khiếu nại năm 2011. Trong Luật khiếu nại chưa quy định chủ thể khiếu nại là cộng đồng dân cư, cơ sở tôn giáo, trong khi đây cũng là đối tượng sử dụng đất theo Luật đất đai, có liên quan đến các quyết định hành chính, hành vi hành chính nên cũng có thể phát sinh khiếu nại trong quá trình quản lý.

Về quy định người giải quyết khiếu nại cũng còn bất cập. Khoản 6 Điều 2 Luật khiếu nại năm 2011 quy định: “Người giải quyết khiếu nại là cơ quan, tổ chức, cá nhân có thẩm quyền giải quyết khiếu nại”. Bên cạnh đó, khoản 1 Điều 7 của Luật khiếu nại năm 2011 quy định: “Khi có căn cứ cho rằng quyết định hành chính, hành vi hành chính là trái pháp luật, xâm phạm trực tiếp đến quyền, lợi ích hợp pháp của mình thì người khiếu nại lần đầu đến người đã ra quyết định hành chính hoặc cơ quan có người có hành vi hành chính hoặc khởi kiện vụ án hành chính tại Tòa án theo quy định của Luật tố tụng hành chính”. Quy định này không phù hợp, có sự mâu thuẫn với thẩm quyền giải quyết khiếu nại được quy định từ Điều 17 đến Điều 26 Luật khiếu nại năm 2011 bởi thẩm quyền giải quyết bao giờ cũng thuộc về cá nhân chứ không thuộc về cơ quan, tổ chức. Bên cạnh đó, theo quy định của Luật khiếu nại thì người đứng đầu cơ quan, tổ chức có thẩm quyền giải quyết khiếu nại đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính của mình và của cán bộ, công chức do mình quản lý trực tiếp. Nếu phát hiện quyết định hành chính, hành vi hành chính trái pháp luật thì người khiếu nại phải khiếu nại đến người đứng đầu cơ quan, tổ chức chứ không khiếu nại đến người đã ra quyết định hành chính, càng không phải là cơ quan có người có hành vi hành chính trái pháp luật.

Với quy định không rõ ràng như khoản 1 Điều 7 Luật khiếu nại năm 2011 thì trong nhiều trường hợp người khiếu nại gửi đơn khiếu nại lòng vòng, không đúng người có thẩm quyền giải quyết và mất quyền khiếu nại khi thời hiệu khiếu nại đã hết.

Theo quy định hiện hành, công dân chỉ có quyền khiếu nại một quyết định hành chính mang tính cá biệt mà không có quyền khiếu nại quyết định mang tính quy phạm của cơ quan nhà nước. Đây là một hạn chế đối với quyền khiếu nại của công dân vì trên thực tế, chính những quyết định này mới gây nhiều bức xúc trong nhân dân và thậm chí dẫn đến những khiếu nại nhiều người, vượt cấp.

Hiện nay, việc giải quyết khiếu nại chưa bảo đảm đầy đủ tính khách quan, công khai, dân chủ trong quá trình giải quyết; việc khởi kiện của người dân tại Tòa án còn bị hạn chế; trình tự, thủ tục giải quyết khiếu nại chưa cụ thể, rõ ràng, nhất là giải quyết khiếu nại lần đầu còn phức tạp, thời hạn giải quyết dài, chưa tạo thuận lợi cho công dân; chưa đề cao vai trò của các tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội và của luật sư trong quá trình giải quyết khiếu nại; thiếu chế tài cụ thể trong việc xử lý trách nhiệm thực hiện công tác giải quyết khiếu nại; hiệu lực thi hành các quyết định giải quyết khiếu nại chưa cao; chưa gắn trách nhiệm của Thủ trưởng cơ quan nhà nước trong việc tổ chức tiếp công dân. Bên cạnh đó, một số văn bản pháp luật hiện hành có quy định về khiếu nại và giải quyết khiếu nại, nhất là trong lĩnh vực đất đai… còn có sự mâu thuẫn, chồng chéo, chưa tạo được thống nhất trong các quy định về khiếu nại, giải quyết khiếu nại.

Hiện nay, việc giải quyết khiếu nại hành chính của công dân chỉ thực hiện bằng hai loại là thủ tục hành chính và thủ tục tư pháp. Hai thủ tục này dù có những ưu điểm song cũng bộc lộ không ít hạn chế. Thủ tục hành chính  giải quyết khiếu nại hành chính của công dân hiện nay được thực hiện theo Luật Khiếu nại 2011. So với trước đây, thủ tục này đã có tiến bộ đáng kể vì cho phép công dân khởi kiện vụ án hành chính ra tòa án trong bất kỳ giai đoạn nào. Tuy nhiên, hạn chế là chưa gắn với thủ tục tiếp công dân và xử lý đơn thư; việc tiếp và chuyển đơn thư khiếu nại còn lòng vòng, khó theo dõi và giải quyết; còn xảy ra tình trạng chồng chéo, trùng lắp. Đặc biệt, thời hạn giải quyết khiếu nại chưa phù hợp là một bất cập nhưng đến nay vẫn chưa được khắc phục.

Hầu hết khiếu nại hành chính trên các lĩnh vực đều được giải quyết theo trình tự, thủ tục, thời hạn như nhau (thời hạn thụ lý giải quyết khiếu nại lần đầu là 10 ngày, thời hạn giải quyết là 30 ngày). Quy định này không phù hợp, bời vì:

Với một số lĩnh vực khiếu nại đòi hỏi phải được giải quyết ngay như xuất nhập khẩu hàng hóa, giao thông đường bộ thì thời hạn trên quá dài sẽ gây hậu quả  khó khắc phục như hư hỏng hàng hóa...v.v  

Với một số lĩnh vực phức tạp nhạy cảm, phức tạp có nhiều vấn đề vướng mắc do lịch sử để lại như lĩnh vực đất đai thì thời hạn trên là quá ngắn. 

Bên cạnh đó, thủ tục tư pháp giải quyết khiếu nại hành chính cũng bộc lộ nhiều bất cập. Điển hình là biện pháp bảo đảm thi hành các bản án, quyết định của tòa án chưa thực sự hiệu quả. Nếu cơ quan hành chính hoặc người có thẩm quyền trong cơ quan hành chính không chấp hành bản án, quyết định của tòa án thì tòa án cũng không có quyền xử lý trực tiếp đối với những hành vi vi phạm. Điều đó cho thấy, việc bảo đảm thi hành các bản án, quyết định của tòa án chưa cao.

 Nguyên nhân của những hạn chế bất cập trong việc thực hiện là do: công tác tuyên truyền phổ biến giáo dục pháp luật tuy đã được tăng cường nhưng chủ yếu mang nặng tính hình thức, hiệu quả thu được còn có mức độ, trong hoạt động giải quyết khiếu nại của cơ quan hành chính nhà nước, cán bộ đóng vai trò then chốt, quyết định đến chất lượng, hiệu quả, tính đúng đắn của hoạt động này. Dù đội ngũ cán bộ làm công tác tham mưu giải quyết khiếu nại từng bước tăng về số lượng, nhưng còn bất cập. Cụ thể, người đứng đầu cơ quan hành chính có thẩm quyền giải quyết khiếu nại không chuyên nghiệp; đội ngũ cán bộ làm công tác tham mưu còn kiêm nhiệm nhiều việc; cơ chế quản lý, sử dụng và chế độ chính sách đối với đội ngũ cán bộ chưa thỏa đáng.

Để ngăn ngừa, hạn chế phát sinh khiếu nại cần tập trung hoàn thiện các quy định về khiếu nại và giải quyết khiếu nại với mục tiêu bảo đảm khách quan, minh bạch và bảo vệ quyền lợi chính đáng cho công dân. Song biện pháp tốt nhất là tăng cường tuyên truyền, giáo dục ở cấp cơ sở nhằm tạo chuyển biến căn bản trong nhận thức pháp luật của cán bộ và người dân, đồng thời tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra trách nhiệm của thủ trưởng trong công tác giải quyết khiếu nại.