Cùng với việc công bố danh mục hồ, ao, đầm không được phép san lấp, UBND tỉnh giao nhiệm vụ quản lý cụ thể cho tổ chức, cá nhân liên quan. Theo đó, cáctổ chức, cá nhân đang quản lý vận hành, khai thác hồ, ao, đầm trong danh mục có trách nhiệm: Sử dụng đúng mục đích và tuân thủ các quy định về quản lý, bảo vệ không được san lấp; xây dựng phương án, tổ chức bảo vệ và quản lý theo quy định của pháp luật; kiểm soát chặt chẽ các hành vi lấn chiếm trái phép và xả nước thải chưa qua xử lý vào hồ, ao, đầm báo cáo cơ quan có thẩm quyền xử lý sai phạm theo quy định của pháp luật; xác định vị trí, ranh giới các hồ, ao, đầm xây dựng phương án và tổ chức bảo vệ, quản lý theo quy định của pháp luật đối với công trình được giao quản lý; thường xuyên kiểm tra, rà soát các hồ, ao, đầm không được san lấp, sớm phát hiện ra những hư hỏng gây mất an toàn công trình, diện tích bị lấn chiếm (nếu có) để có biện pháp xử lý kịp thời nhằm đảm bảo an toàn công trình.

Không được thải chất thải chưa được xử lý đạt quy chuẩn kỹ thuật môi trường, các chất độc, chất phóng xạ và chất nguy hại khác, vi sinh vật chưa được kiểm định và tác nhân độc hại khác đối với con người và sinh vật vào hồ, ao, đầm. Khi phát hiện tổ chức, cá nhân xả chất thải chưa qua xử lý vào hồ, ao, đầm thì tổ chức, cá nhân quản lý vận hành phải kịp thời kiến nghị cơ quan Nhà nước có thẩm quyền xử lý hành vi vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường.